中国科学院提出了建设国家创新体系的构想，先后实施知识创新工程、“创新2020”、《“率先行动”计划暨全面深化改革纲要》，提出了《迎接知识经济时代，建设国家创新体系》、《创新促进发展，科技引领未来》、《创新2050：科学技术与中国的未来》、《科技发展新态势与面向2020年的战略选择》等战略研究报告。
据2016年1月中国科学院官网显示，全院共拥有12个分院、100多家科研院所、2所直属高校（中国科学院大学、中国科学技术大学）、1所共建高校（与上海市人民政府共建上海科技大学）、130多个国家级重点实验室和工程中心、210多个野外观测台站，承担20余项国家重大科技基础设施的建设与运行，正式职工6.8万余人，在学研究生5.2万余人；建成了完整的自然科学学科体系，物理、化学、材料科学、数学、环境与生态学、地球科学等学科整体水平已进入世界先进行列。